key: cord-0937566-07u7p4nm authors: Urrutikoetxea-Gutierrez, Mikel; Ugalde Zarraga, Estibaliz; Gallego Rodrigo, Mikel; Díaz de Tuesta del Arco, Jose Luis title: Aparición de novo de la mutación E484K en una variante del linaje B.1.1.7 de SARS-CoV-2 date: 2021-08-13 journal: Enferm Infecc Microbiol Clin DOI: 10.1016/j.eimc.2021.07.005 sha: 830559dae7a2f00174c71532d6f6635c36857900 doc_id: 937566 cord_uid: 07u7p4nm nan Desde su primera descripción en diciembre de 2020 1 , la variante de preocupación VOC-202112/01 (también conocida como linaje B.1.1.7, 20I/501Y.V1 o, recientemente, según la OMS, simplemente alpha 2 ) del SARS-CoV-2 ha ido extendiéndose por todo el mundo. En nuestra área geográfica se ha hecho predominante desde comienzos de marzo de 2021, representando en junio más del 90% de las nuevas infecciones 3 . Esto se debe principalmente a las mutaciones que esta variante acumula en el gen que codifica la espícula (gen S) especialmente en la zona de unión al receptor (RBD). Estas mutaciones, especialmente la mutación N501Y que comparte con las variantes de preocupación beta (B.1.351 o 20H/501Y.V2) y gamma (P.1 20J/501Y.V3), entre otras, se relacionan con un aumento de la afinidad de la unión de la espícula con la enzima convertidora de angiotensina II y un aumento de la transmisibilidad 4 . Estas dos últimas variantes comparten además la mutación E484K, también en el entorno del RBD, que podría relacionarse con cierto grado de escape a la acción de las vacunas 5 . Por ello, cuando aparecieron las primeras secuencias del linaje B.1.1.7 con la mutación E484K, las autoridades británicas las declararon variantes de preocupación VOC-202102/02 6 ; aunque el clúster en el que se enmarcaban esas variantes no parece haber sido tan exitoso y representa solamente el 0,225% de las secuencias del linaje B.1.1.7 incluidas en GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Conforme al protocolo de cribado de variantes de nuestro centro, todas las muestras positivas para SARS-CoV-2 con Ct < 32 se analizan empleando el kit Allplex TM SARS-CoV-2 Variants I Assay (Seegene, Corea) que detecta de forma simultánea las mutaciones H69/V70, E484K y N501Y. A finales de abril identificamos una muestra positiva a las 3 dianas estudiadas. Además de la muestra del paciente que presentaba las 3 mutaciones, se secuenciaron las muestras de los otros tres casos positivos del clúster familiar de los que el paciente había sido contacto estrecho y presentaban un perfil compatible con el linaje B.1.1.7 pero sin la mutación E484K. Para la secuenciación del genoma viral se empleó el panel Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel (Thermo Fisher Scientific, USA) 7 . Las librerías fueron preparadas siguiendo las instrucciones del fabricante y se cargaron en un chip 540 y en la plataforma Ion GeneStudio TM S5 (Thermo Fisher Scientific, USA). El genoma se ensambló mediante el plugin IRMA 8 y se comprobó su consistencia mediante el programa Integrative Genomics Viewer (IGV) 9 . Además, se empleó la webApp Nextstrain 10 tanto para la asignación del clado como para la visualización de las mutaciones. Las secuencias obtenidas mediante secuenciación masiva confirmaron los resultados de las técnicas de cribado de variantes por PCR. La muestra problema presentaba la mutación G23012A que condiciona el cambio de aminoácido en el gen S E484K. Ninguna de las otras tres muestras presentaba esa mutación en el ensamblado, además las lecturas de A en la posición 23012 representaban menos del 1% de las lecturas en cada una de las muestras. Exceptuando la mutación G23012A, las cuatro cepas del clúster familiar eran idénticas y tenían tanto las mutaciones características del linaje B.1.1.7 como algunas propias (ver tabla 1). Pese a pertenecer al linaje B.1.1.7 y presentar además la mutación E484K, la secuencia de nuestra muestra no compartía el resto de las mutaciones características de la VOC-202102/02 por lo que se trataba probablemente de una aparición de esta mutación independiente a las encontradas en febrero de 2021 en el Reino Unido, de forma similar a otras apariciones sincrónicas de esta mutación. En este caso, la cadena de transmisión epidemiológica es bastante clara, ya que la infección del paciente con la mutación E484K es la que aparece de forma más tardía: una semana posterior al resto y cuando el paciente se encontraba en aislamiento desde hacía seis días por ser contacto estrecho de caso confirmado, por lo que, probablemente, esta mutación apareció de novo, bien en el propio paciente o bien en cualquiera de los otros tres integrantes del clúster tras la toma de sus respectivas muestras. Afortunadamente, el paciente no tuvo contactos estrechos posteriores y tampoco se han observado nuevas variantes pertenecientes al linaje B.1.1.7 con la mutación E484K en los cribados diarios realizados en nuestra organización sanitaria. Familiar 1 Familiar 2 Familiar 3 C241T 2935 7356 4892 3110 C913T 5499 10533 7634 5110 C3037T 6899 10817 8752 8597 C3267T 1870 6997 4489 3645 C4464T 7318 13962 8950 5797 A5041G 3407 6980 4543 2567 C5388A 4309 8448 5309 3474 G5763A 7673 12951 9983 10079 C5986T 2074 3458 1213 449 T6954C 2822 7202 3136 933 11288-11297 6911 11107 8345 7157 C11668T 5339 7078 3973 2795 C12439T 6903 11349 7622 6920 C14407T 4004 6209 3489 2521 C14408T 4006 6230 3496 2525 C14676T 5486 8911 6115 4265 T15096C 3185 5267 3462 3199 C15279T 1811 6655 4096 2838 T16176C 6050 11721 8117 9837 C18647T 2354 6501 4085 3055 21766-21772 5587 6261 5807 5072 21994-21997 7153 7985 6569 5075 G23012A 8771 A23063T 2137 5422 4300 1691 C23271A 4375 7485 6071 5999 A23403G 13281 16004 13387 13398 C23604A 9736 12985 11754 14791 C23709T 7735 11037 9594 7600 T24506G 14234 17157 15581 13242 G24914C 9398 14695 11772 7804 C27972T 25717 28812 39283 27683 G28048T 25829 28835 39267 27589 A28095T 12218 16000 19763 6728 A28111G 12192 15990 19727 6687 28274 9517 11135 18433 8315 G28280C 10624 12112 19790 8916 A28281T 10686 12175 19865 8933 T28282A 10689 12181 19875 8936 C28320T 10853 12294 20071 9036 G28881A 6831 10521 12661 5721 8882A 6840 10531 12673 5728 G28883C 6841 10531 12673 5728 C28977T 6715 10284 12336 5378 Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations Genomic Epidemiology Tracking SARS-CoV-2 variants COVID19 Actualizacion variantes 20210531.pdf Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity Variants of Concern VOC Technical Briefing 6 England-1.pdf [Internet Evaluation of the Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 research panel by massive parallel sequencing Viral deep sequencing needs an adaptive approach: IRMA, the iterative refinement metaassembler Integrative genomics viewer Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution